​Евгений Владимирович Попантонопуло родился в 1983 году в Новосибирске.

В 2005 году закончил Сибирский государственный университет телекоммуникаций и информатики по специальности программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем с квалификацией «инженер».

С 1998 по 2002 годы работал оператором ЭВМ Московской финансово-юридической академии (Новосибирский филиал). С 2002 по 2005 год – генеральный директор ООО«Инспирэйшн», с 2005 года – эксперт комитета компьютерных технологий администрации Новосибирской области, с 2007 года – начальник информационно-аналитического отдела ЗАО «КомСиб», с 2008 года – заместитель директора ЗАО «Атлас-Сибирь», с 2010 года – заместитель начальника филиала по технической политике, заместитель начальника филиала по развитию ФГУП «Связь-безопасность» - Управления ведомственной охраны по г. Новосибирску, Новосибирской области и Сибирскому федеральному округу.

К работе в должности начальника департамента связи и информатизации мэрии Евгений Попантонопуло приступил 13 января 2014 года.